Die Stiftung verfolgt ausschließlich gemeinnützige und mildtätige Zwecke. Diese sind die Bereitstellung von Arbeits- und Ausbildungsplätzen für Menschen mit Förderbedarf, die Förderung der Artenvielfalt, des Umweltschutzes sowie von Umweltbildungsmaßnahmen. Die Stiftung Pestalozzi macht Bio ist vorrangig eine Förderstiftung, welche ausschließlich die Maßnahmen und Projekte der Pestalozzi Gemüsebau GmbH und der Neuhof gGmbH unterstützt.

Eine Antragstellung zur Förderung fremder Projekte ist daher nicht möglich.